SMA Pangudi Luhur Yogyakarta semula Sekolah Pendidikan Guru (SPG) yang didirikan sejak tahun 1942 pada bulan April. Sekolah tersebut semula dikelola oleh Pater-Pater Yesuit dan pada tanggal 1 Agustus 1952 deserahkan kepada Bruder - Bruder FIC. Tempat belajar para siswa semula menggunakan gedung SD dan kemudian menempati gedung tinggalan dari SMP Pangudi Luhur , sebab SMP Pangudi Luhur memiliki gedung baru di Kompleks Baciro.

Berdasrkan kronologisnya, secara berangsur - angsur mengalami suatu perubahan yakni :

1. Tahun 1942 : Sekolah berdiri dengan sebutan SGAK

2. Tahun 1952 : SGAK menempati gedung yakni di Jl. P. Senopati No. 16 Yogyakarta

3. Tahun 1965 : Secara resmi dikelola oleh Yayasan Pangudi Luhur.

4. Tahun 1973 : Secara resmi mulai menerima siswa putri untuk kelas I

5. Tahun 1983 : Secara resmi mulai menempati gedung Jl. P. Senopati No. 18 Yogyakarta

6. Tahun 1987 : SPG memperoleh status DISAMAKAN.

7. Tahun 1989 : SPG Pangudi Luhur beralih fungsi menjadi SMA Pangudi luhur ( berdasarkan SK Menteri P dan K No. 020/I.13/H/Kpts/1989 tanggal 26 Januari 1989.

8. Tahun 1992 : SMA Pangudi Luhur memperoleh status DISAMAKAN.

9. Tahun 1997 : Secara resmi nama SMA Pangudi Luhur diganti menjadi SMU Pangudi Luhur

10. Tahun 1999 : SMA Pangudi Luhur memperoleh status DISAMAKAN.

11. Tahun 2005 : SMA Pangudi Luhur memperoleh status Terakreditasi. A

12. Tahun 2006 : Secara resmi nama SMU Pangudi Luhur diganti menjadi SMA Pangudi Luhur

13. Tahun 2008 : SMA Pangudi Luhur memperoleh status Terakreditasi A.

VISI

SMA Pangudi Luhur Jogja merupakan tempat mewujudkan komunitas iman dengan cara menempatkan Yesus Kristus Sang Guru sejati sebagai pusat hidup dalam upaya membangun persaudaraan sejati serta menanggung karya bersama dalam pendampingan kaum muda menuju PRIBADI dewasa, beriman, berpengetahuan, terampil, bermartabat, berbudi pekerti luhur, dan terbuka menghadapi tantangan zaman.

MISI

Membantu, mendampingi siswa menemukan potensi yang dimiliki untuk dikembangkan secara optimal serta melatih siswa mandiri, bertanggung jawab, bermartabat, dan berbudi pekerti luhur, menghargai, menghormati, sesamanya dan menerima diri sebagai pribadi yang unik sehingga menjadi pribadi dewasa.